Ibrahim Libya dan 39 pengikutnya yang tidur di madrasah tersebut telah dimaklumkan oleh seseorang akan bilangan polis yang ramai di Balai Polis Sungai Petani. Pelbagai senjata ala kampung disediakan seperti kapak, pisau dan buluh runcing. Mereka yang mahir memasang koktel molotov yang diperbuat daripada minyak tanah dan petrol. Seluruh pengikut Ibrahim Libya menunaikan solat hajat, membaca surah Yassin dan berzikir sebagaimana pahlawan Islam dahulu.

Sepasukan polis yang terdiri daripada Pasukan Polis Hutan, Senoi Praaq, Polis Anti-Pengganas Unit Tindakan Khas (UTK berpakaian Komando 69), Pasukan Simpanan Persekutuan (FRU) serta Tugas Am bertindak melakukan serbuan di madrasah tersebut. Dalam serbuan tersebut, seorang pegawai kanan Pasukan Polis Hutan, seorang anggota pangkat rendah dan dua orang konstabel tertembak. Keempat-empat mereka telah terkorban akibat serangan tersebut. Mengikut sumber dalaman pula, mereka yang terkorban terkena peluru sesat dari pasukan tersebut itu sendiri semasa serbuan dibuat.[2][3] Tiada pula penduduk yang pernah dibicara kerana memiliki senjata api selepas kejadian tersebut.

Dua helikopter polis digunakan bagi membawa pegawai polis yang terkorban. Mangsa yang cedera dan mati dihantar ke Hospital Sungai Petani dan Hospital Alor Star. Dianggarkan seramai 14 penduduk Memali terbunuh dalam serbuan tersebut termasuk Ibrahim Libya. Menurut sumber, beliau ditembak berpuluh kali di dadanya oleh anggota Unit Tindakan Khas (UTK)[perlu rujukan], dan sempat mengucapkan kalimah syahadah dipangkuan seorang pegawai kanan polis yang memangkunya sebelum beliau meninggal dunia.[4] Jenazah Ibrahim serta pengikutnya dikebumikan dalam kubur panjang tanpa dimandikan kerana dipercayai tergolong sebagai para syuhada.[5] Sultan Kedah sendiri turun mencemar duli untuk mengunjungi makam tersebut.

Kawasan Memali pada keseluruhan hari itu adalah mendung dan gelap menurut penduduk di situ. Tiada sebarang aktiviti harian dijalankan dan banyak kedai ditutup berikutan insiden ini.

Status mereka sebagai syahid disahkan oleh ahli Majlis Fatwa Kerajaan Negeri Kedah, Tuan Guru Haji Yahya Junid dan Ustaz Azahari Abd Razak berdasarkan mereka yang mempertahankan diri dan harta mereka adalah syahid. Bagaimanapun mereka yang mengeluarkan fatwa berkenaan disingkirkan daripada menganggotai badan fatwa berkenaan.[6]